Ктулху был порождён в мире Вурл (англ. Vhoorl) в некой «двадцать третьей туманности». Позже Он посетил зелёную двойную звезду Зотх (англ. Xoth), где совокупился с существом по имени Идх-йаа, дабы породить Великих Древних Гхатанотхоа, Йтхогтха и Цог-Оммога. Далее Ктулху и его потомство полетели на спутник Плутона Юггот, откуда Великие Древние сошли на Землю. К огромному сожалению Ктулху, Идх-йаа «не переваривает» его родителей.

По Их прибытии, Ктулху и его свита на острове в Тихом Океане построили огромный каменный город Р’льех. Сначала, потомству Ктулху сопротивлялись Старшие Существа (Старейшины), обитавшие на земле миллионы лет до прихода Ктулху. После войны, в которой потомки Ктулху разрушили все города Старших Существ (Старейшин), оба лагеря объявили мир и согласились не мешать друг другу.

 
Затем Ктулху и его потомки многие годы наслаждались свободой в этом мире, но скоро они впали в период глубокого ожидания, огражденные могуществом Ктулху, они стали неуязвимы для Богов Старины, но были обездвижены, так что единственным способом общения для них стала телепатия. В течение миллионов лет человечество медленно развивалось. Ктулху говорил с сими новыми существами в их снах, сообщая им, где находятся статуи с его образом, кои он принёс со звёзд. Так зародился культ Ктулху. Но однажды чёрный Р’льех постигло бедствие. Возможно, это была месть неизвестных божеств или изменения в звёздах, луне, отделённых от Земли (хотя считается, что слуги Ктулху знали бы об этом). Время сей катастрофы также неведомо; согласно доктрине культа, это произошло после зарождения его первых культов, другие считают, что это случилось задолго до начала развития человечества. Без причины, город Р’льех (Р’лиех) погрузился в воды Тихого Океана, захлопнув Ктулху и его потомков как в ловушке. Вода заблокировала их телепатические сигналы, исключив любой контакт с их слугами. С этого момента они могли пользоваться телепатией только во время подъема Р’льейха из воды. Ктулху не мог ничего сделать, и он ждёт, пока звёзды не установятся в надлежащем порядке; лишь тогда он освободится из заключения.

С тех пор могила Ктулху время от времени подымалась из воды, освобождая Ктулху на краткие периоды. Всякий раз, после нескольких дней или недель, Р’льех снова погружался обратно в море. Однако придёт день, когда черный город не вернётся к морскому дну. Тогда окончательно пробудившийся Ктулху будет убивать и метаться по всему миру.

Согласно Лавкрафту, культы Ктулху широко распространены; следы его поклонения остались на Гаити, Луизиане, на Юге Тихого Океана, в Мехико, Аравии, Сибири, К’н-йане (подземное царство под штатом Оклахома в США) и Гренландии. Бессмертные жрецы поддерживали культ где-то в горах Китая, но истинный центр культа был расположен где-то в Аравии, около легендарного города Ирема. Первая работа Профессора Анджела и его преемников дала много информации о скрытых культах.

В основном этот культ остался тайным, но на Гавайских островах всё ещё ходят легенды о Кана-лоа, злом боге-кальмаре, который заключён в преисподней. Ритуалы Ктулху часто исполняются близ океана или большого залива, и считается, что Хэллоуин — один из его высших празднеств. Некоторые лавкрафтианцы полагают, что Ктулху — просто высший жрец Йог-Сотхотха (или Йог-Сотота). Некоторая вражда существует между Ктулху и его братом, Невыразимым Хастуром. Однако никто не знает из-за чего возник конфликт между ними.

В некоторых текстах Ктулху назван водным элементалом, несмотря на то, что океан блокирует его телепатические сигналы к человечеству. Рукопись Сассех упоминает Ктулху, как проявление Ньйарлатхотепа (Ниарлатотепа), хотя никакой другой источник не интерпретирует его таким образом. Фрэнсис Лэни попытался связать Ктулху Куиха-Айар с богом войны Уицилопочтли. Это явная несуразица; Уицилопочтли — бог Ацтеков и он вовсе не похож на Ктулху. Наконец, некоторые провели параллели между Ктулху и К’тхулу Соухисом, высшим жрецом Му, который сбежал в Южную Америку. Некоторые принимают любую из этих гипотез.